หลังจากสิ้นสุดสงครามโบชิงญี่ปุ่นเข้าสู่ยุคเมจิ ซึ่งกลุ่มซามูไรแห่งแคว้นซัตสึมะและโชชูเดิมขึ้นมามีอำนาจในการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงการปกครองของญี่ปุ่น เรียกว่า คณาธิปไตยยุคเมจิ (Meiji oligarchy) โอกูโบะ โทชิมิจิซึ่งเป็นเพื่อนสนิทของไซโง ทากาโมริ ขึ้นมาเป็นผู้นำในการจัดตั้งระบอบการปกครองใหม่ ไซโง ทากาโมริร่วมกับโอกูโบะ โทชิมิจิ ร้องขอให้ไดเมียวคนสุดท้ายแห่งซัตสึมะคือชิมาซุ ทาดาโยชิ ยกแคว้นซัตสึมะถวายคืนให้แด่พระจักรพรรดิเพื่อเป็นตัวอย่างให้แก่แคว้นอื่นๆในญี่ปุ่น นำไปสู่การยกเลิกระบบแว่นแคว้นศักดินา (Abolition of Han system) ของญี่ปุ่นทั้งหมด อย่างไรก็ตามไซโง ทากาโมริ มีแนวความคิดอนุรักษ์นิยมและยึดถือกับหลักการของซามูไรเดิม ไซโงไม่เห็นด้วยกับการปรับปรุงประเทศให้ทันสมัยและการเปิดการค้ากับชาติตะวันตก คัดค้านการสร้างระบบทางรถไฟ และเห็นว่าควรนำเงินดังกล่าวมาใช้ในการบำรุงกองทัพให้มีความทันสมัยมากกว่า[3]

ในค.ศ. 1871 คณะทูตญี่ปุ่นนำโดยอิวากูระ โทโมมิ และโอกูโบะ โทชิมิจิ เดินทางไปดูงานยังสหรัฐอเมริกาและยุโรป เรียกว่า คณะทูตของอิวากูระ (Iwakura Mission) โดยที่ไซโง ทากาโมริ เป็นผู้รักษาการณ์รัฐบาลญี่ปุ่นในช่วงนั้น ในค.ศ. 1869 รัฐบาลเมจิใหม่ส่งสาสน์ไปยังเกาหลีราชวงศ์โชซ็อนเพื่อสร้างความสัมพันธไมตรีระหว่างสองประเทศ อย่างไรก็ตามในยุคเอโดะนั้นอาณาจักรโชซ็อนมีความสัมพันธ์กับรัฐบาลโชกุนโดยผ่านทางตระกูลโซแห่งเกาะซึชิมะ เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงในเนื้อหาของสาสน์จากญี่ปุ่นซึ่งไม่ได้ผ่านตระกูลโซและไม่ได้มาจากโชกุนแต่มาจากพระจักรพรรดิโดยตรง ทำให้ราชสำนักโชซ็อนปฏิเสธไม่รับไมตรีจากรัฐบาลใหม่ของญี่ปุ่น สร้างความโกรธเคืองให้แก่รัฐบาลญี่ปุ่นโดยเฉพาะไซโง ทากาโมริ

ในค.ศ. 1873 ไซโง ทากาโมริ และอิตางากิ ไทซูเกะ (ญี่ปุ่น: 板垣 退助 โรมาจิ: Itagaki Taisuke) เรียกร้องให้มีการรุกรานโชซ็อนเพื่อแสดงศักยภาพทางการทหาร บรรดาซามูไรซึ่งไม่มีงานให้การสนับสนุนแก่ไซโง ทากาโมริ ในการรุกรานเกาหลี ทากาโมริเสนอตนเองเป็นทูตไปยังโชซ็อนและยั่วยุให้ฝ่ายโชซ็อนทำร้ายตัวทากาโมริเพื่อเป็นข้ออ้างที่ญี่ปุ่นจะส่งทัพเข้ารุกรานโชซ็อน ซึ่งแนวความคิดของไซโง ทากาโมรินี้ได้รับการต่อต้านอย่างหนักจากโอกูโบะ โทชิมิจิเพื่อนสนิท และอิวากูระ โทโมมิ ซึ่งเพิ่งกลับจากการดูงานที่ต่างประเทศเพียงไม่นาน โอกูโบะ โทชิมิจิและอิวากูระ โทโมมิ เห็นว่าประเทศญี่ปุ่นยังไม่พร้อมที่จะก่อสงครามในระดับนานาชาติหากยังไม่พัฒนาเทคโนโลยีทางทหารอย่างเพียงพอ แม้แต่น้องชายของทากาโมริคือไซโง ซึงูมิจิ (ญี่ปุ่น: 西郷 従道 โรมาจิ: Saigō Tsugumichi) ซึ่งมียศพลโทก็ไม่เห็นด้วยกับการรุกรานเกาหลีของทากาโมริ เหตุการณ์การถกเถียงประเด็นเรื่องการรุกรานเกาหลีในครั้งนี้เรียกว่า "เซกันรง" (ญี่ปุ่น: 征韓論 โรมาจิ: Seikanron) ซึ่งนำไปสู่ความสัมพันธ์ที่ร้าวฉานระหว่างไซโง ทากาโมริและโอกูโบะ โทชิมิจิ ซึ่งเป็นเพื่อนร่วมอุดมการณ์มาอย่างยาวนาน และทำให้ไซโง ทากาโมริ ถอยห่างจากรัฐบาลเมจิ

ไซโง ทากาโมริ และอิตางากิ ไทซูเกะ ลาออกจากรัฐบาลเมจิเพื่อเป็นการประท้วง โดยไซโง ทากาโมริ กลับไปอาศัยอยู่ที่เมืองคาโงชิมะในแคว้นซัตสึมะซึ่งเป็นบ้านเกิดของตน